531 ответов в этой теме

[Олег К]

Из комментариев:

-Александр, для мутировавшего несколько миллиардов лет рибозима, у вас получаются очень хорошие ролики.

-Спасибо! я долго мутировал

(с)

 

[terminalX]

Олег К писал 15 Май 2024 - 16:53:

Пандоравирусы ))) гыгыгы

Они, кстати, не самые большие. Несколько лет назад в Сибири нашли пифовирус, он в полтора раза больше, хотя геном меньше раза в 3. Тоже поражает амеб. 

[MrCherdak]

terminalX:

пифовирус

может пуффивирус?

[terminalX]

Новая работа насчет Луки — возможно самая весомая за всё время, т.к. в моделировании учли наибольшее число факторов, влияющих на мутагенез, включая горизонтальный перенос и изменчивость скорости видообразования. Сравнивали гены 700 видов организмов, в основном паралоги (эволюционно разтшедшиеся дубликаты) и просто дублированные гены. Использовали новые методы сравнительной геномики, которых не существовало в 2016 году, когда проводилось прошлое крупнейшее исследование по этой теме.
 
https://www.nature.c...559-024-02461-1
 
Ключевые выводы:
 
— Возник еще раньше, чем думали. Около 4,2 млрд лет назад. Всего через 400 млн лет после образования Земли. Почти середина Катархея — самого первого эона планеты. До этого мейнстримово считали, что через 600 (4 млрд лет назад).
 
— Имел иммунную систему и боролся с вирусами. Уже имел скромненький аппарат CRISPR-Cas9, на который полагаются современные бактерии, чтобы измельчать генетический материал вирусных захватчиков. Сейчас в генной инженерии используют инструмент CRISPR — идея взята у бактерий.
 
— Имел геном размером 2,5 мегабайта и кодирующий 2600 белков, прилично для прокариотов. Питался CO2 и H2 и мог жить в мелководье.
 

[Олег К]

terminalX, а кроме этого Луки были ли ещё какие-нибудь другие формы жизни, проигравшие потомкам Луки в эволюционной гонке? Что говорит наука?

[terminalX]

Олег К писал 01 Авг 2024 - 09:43:

terminalX, а кроме этого Луки были ли ещё какие-нибудь другие формы жизни, проигравшие потомкам Луки в эволюционной гонке? Что говорит наука?

Как понимаю, ты имеешь в виду те ветви, которые НЕ относятся к кладе Луки (т.е. всей нынешней жизни, включая вымерших), но при этом дожившие до возникновения у него потомков? Очень экзотический вопрос... О них не может быть инфы, кроме голых предположений, потому что останков не сохранилось (как и останков Луки), а строить гипотезы на генетических свидетельствах невозможно, так как у них (в отличии от Луки) по определению нет потомков, чьи геномы мы могли бы секвенировать. Но есть кое-какие спекуляции по этой теме. Например, что это были организмы с некоторыми элементами "альтернативной" биохимии — другой генетический код (не другие гены или ДНК, а именно другой набор букв) или другой состав нуклеотидов — с треозой вместо рибозы. Или пептидо-нуклеиновые кислоты. Или с другой хиральностью сахара и аминокислот. Или с рибозимами, о которых ты выше упомянул. Есть даже гипотеза "теневой биосферы" — некоторые считают, что такие альтернативные формы жизни до сих пор можно найти на Земле, если хорошо постараться. Даже предлагают кандидатов. Но это что-то на уровне криптозоологии. Пока не нашли ничего убедительного. Сторонники раньше пиарили некоторых экстремофильных бактерий, якобы подходящих на эту роль, но не подтвердилось.

[Олег К]

terminalX,понятно, что в данном случае не доказать, т.к. гипотетических потомков на ту глубину веков, откуда ещё можно выделить генетический материал, не наблюдается.

Может в пробирке были подобные эксперименты? Если что-то можно сделать в пробирке, значит и природа случайным образом могла такое воспроизвести.

[terminalX]

Олег К:

Может в пробирке были подобные эксперименты? Если что-то можно сделать в пробирке, значит и природа случайным образом могла такое воспроизвести.

Тут смотря что понимать под новым организмом. Где грань между новым и не новым. Сейчас есть такое направление — синтетическая биология. В ней несколько ветвей, каждая со своими амбициями. У одной из ветвей амбиции скромные — брать готовый геном бактерии, менять его, убирать лишнее, что-то добавлять, а потом получившийся результат вводить обратно в бактерию. Причем ДНК уже могут по шаблону синтезировать искусственно. Такое делать удается — бактерия живет и размножается. Новый, искусственный вид бактерии. Но я сомневаюсь, что его можно назвать принципиально другой формой жизни. Там хоть и синтезируют ДНК искусственно, но шаблон для синтеза используют лишь немного измененный, да и в бактерию вводят уже существующую. Это скорее что-то вроде ГМО на максималках, а не синтетическся жизнь.

 

Есть более амбициозные направления, например, синтез протоклетки. Или попытки создать нетрадиционные молекулярные механизмы. Или моделирование in silico. Тут пока нет готовых результатов. Прогресс есть, но клетку пока не создали. Думаю, совсем небиологическиую жизнь создадут гораздо раньше, чем научатся синтезировать биологическую клетку.

[MrCherdak]

terminalX,какое ваше мнение о гипотезе про разумных динозавров?

[terminalX]

MrCherdak писал 01 Авг 2024 - 15:52:

terminalX,какое ваше мнение о гипотезе про разумных динозавров?

Что-то я не очень в теме. Помню, лет 10-15 назад выдвигалась гипотеза, что некоторые из них могли быть на уровне шимпанзе или чуть выше, из-за высокой плотности нейронов. Но выводы вроде не подтвердились, и дальше эта тема заглохла.

 

А еще ответ зависит от того, что имеется в виду под разумностью. Если наличие культуры, то нет. Если владение инструментами, планирование, самосознание, обучение и обобщение — то да. У некоторых птиц это есть. А птицы — это динозавры.

[Alex6]

Архимеда нельзя допускать в эту тему. Затопчет все ростки знания своей конспирологией в ее явных и крайних проявлениях

[Олег К]

terminalX, небиологическая жизнь- что-то типа самособирающихся сложных молекул на основе кремния?

[IDKFA]

Олег К:

небиологическая жизнь- что-то типа самособирающихся сложных молекул на основе кремния?

А какая разница на основе чего? Если самовосароизводящиеся, то и то жизнь, и это.
Кремний хуже. Просто хуже, шансов почти нет

[terminalX]

Олег К писал 01 Авг 2024 - 18:19:

terminalX, небиологическая жизнь- что-то типа самособирающихся сложных молекул на основе кремния?

Раз строгого определения жизни нет, можно позволить себе немного вкусовщины. Я готов называть жизнью любую автономную систему, содержащую в себе корректирующуюся и окруженную марковским одеялом модель среды (включая и свое "тело"). Допустим, самообучающийся робот с конечностями, с набором датчиков, сенсорных модальностей. Он бегает, адаптируется через аллостаз, преследует свои цели, что-то осознает. Чем не живой? Даже если размножаться не может... Мул или зеброид тоже не могут, но живые ведь.

[beylbom]

Олег К писал 01 Авг 2024 - 18:19:

terminalX, небиологическая жизнь- что-то типа самособирающихся сложных молекул на основе кремния?

 

Это слишком прочные соединения. Там не в валентности дело. Анрил. Давно показано, что и физ. законы во вселенной одинаковы, и константы, и главное - распространение хим. элементов. 
Поэтому "кремний" везде кремний. И по распространенности, и по адски тяжелому расщеплению связей.

[Олег К]

beylbom писал 01 Авг 2024 - 21:29:

Это слишком прочные соединения. Там не в валентности дело. Анрил. Давно показано, что и физ. законы во вселенной одинаковы, и константы, и главное - распространение хим. элементов. 
Поэтому "кремний" везде кремний. И по распространенности, и по адски тяжелому расщеплению связей.

На самой планете могут быть другие условия, в которых кремний- соединения в нужной стабильности будут возможными , а углеродные нет. Например. горячий климат, особая атмосфера и т.д.

[terminalX]

Александр Марков наконец сделал то, что я давно ему посоветовал, - завёл канал на ютубе. Уже 3 выпуска. Пока антропология, но не сомневаюсь, что дальше интереснее будет.

 

[Skier]

Эволюцию человека с удовольствием прочитал. Третья книга чуть менее интересна.

[terminalX]

Skier:

Эволюцию человека с удовольствием прочитал.

Много лет назад его "Рождение сложности" для меня оказалась одной из судьбоносных книг.

[Skier]

terminalX писал 06 Дек 2024 - 10:57:

Много лет назад его "Рождение сложности" для меня оказалась одной из судьбоносных книг.

Для меня первыми впечатляющими книгами по популярной биологии были "Эгоистичный ген" и "Слепой часовщик" Докинза.

[terminalX]

Skier писал 06 Дек 2024 - 12:01:

Для меня первыми впечатляющими книгами по популярной биологии были "Эгоистичный ген" и "Слепой часовщик" Докинза.

Помню такие. Уже классика  Марков, кстати, в том числе ими вдохновлялся. А "Эгоистичный ген" и "Расширенный фенотип" даже не совсем научпоп. Докинз скорее для коллег писал, но решил добавить элементы научпопа, чтоб более широкую публику охватить.

[terminalX]

terminalX:

Или с другой хиральностью сахара и аминокислот.

 

Новость по теме, которую мы тут обсуждали. Стэнфорд опубликовал доклад, предупреждающий об опасностях создания так называемой зеркальной жизни.

 

https://purl.stanford.edu/cv716pj4036

 

В природе белки у всех известных живых организмов состоят почти исключительно из левосторонних аминокислот, а РНК и ДНК содержат только правосторонние сахара. Это называется гомохиральность. Сейчас неизвестно, является ли она необходимым условием для жизни или просто так сложилось на ранних стадиях развития биосферы. В лабораториях пытались построить белковые цепи из аминокислот смешанной хиральности — они плохо сворачиваются и не функционируют. Но удается построить полностью зеркальные белки, и они нормально функционируют на подходящих субстратах. За недавние годы синтетическая биология продвинулась вперед — уже создают частично синтетических бактерий, рибосомы, полимеразу. Сложные (эукариотические) зеркальные организмы были бы безопасны, так как они не смогут питаться никакими существующим организмами и не смогут размножиться. Но, например, хирально-зеркальная версия цианобактерий, которой для фотосинтеза нужны только ахиральные питательные вещества и свет, может захватить экосистему планеты из-за отсутствия естественных врагов. Таким образом она может нарушить нижнюю часть пищевой цепи, производя зеркальные версии необходимых сахаров. Вдобавок ко всему этим мооут воспользоваться некоторые бактерии, способные использовать редкую левостороннюю глюкозу.